ความหลากหลายของชนิดพันธุ์นกในหมู่เกาะสิมิลันมีมากมายหลายชนิด มีทั้งนกประจำถิ่น และนกอพยพ นกที่พบได้ในเขตอุทยานแห่งชาติหมู่เกาะสิมิลัน พบว่ามีทั้งหมด 72 ชนิด ใน 25 วงศ์ นกชนิดเด่นที่มีการกระจายทุกพื้นที่ ได้แก่ นกลุมพู (Ducula aenea) นกลุมพูขาว (Ducula bicolor) นกยางควาย  (Bubulcus ibis) นกยางโทนใหญ่ (Ardea alba) นกแต้วแร้วอกเขียว (Pitta sp.) นกกินเปี้ยว (Todiramphus chloris) และนกชาปีไหน (Caloenas nicobarica) ซึ่งนกชาปีไหนจัดเป็นนกที่มีสถานภาพทางการอนุรักษ์ระดับโลกและอยู่ในสภาพใกล้ถูกคุกคามตามบัญชีของ IUCN